Juego en un Japón futurista después del final de una guerra mundial brutal, la ciencia ha avanzado dando a grandes pasos a humanidad la opción de prolongar la vida y reducir el sufrimiento con el uso de la cibernética sofisticada. Con toda humanidad unida en un sistema de mentes y personalidades conocidas como fantasmas, la amenaza más grande para la civilización es los terroristas ciber capaces de robar cuerpos de la gente y memorias. Cuando un virus que infecta al fantasma conocido como el juez de salida del Fuego comienza a extenderse a través del sistema que causa el asesinato de la primera ministra japonesa, el comandante Motoko Kusanagi y su equipo de la elite de obreros especiales se llaman para detectar su fuente. Como cavan más profundos y más profundos en su investigación, destapan rastros de la corrupción del gobierno y un agente de bolsa sombreado que aguanta una cara demasiado familiar. La película es una continuación al complot del episodio de Culto Pyrophoric de Se levan