Para el cuarto juego, Spider-Man se une al Agente Venom, Araña de Hierro y Thor contra Annihilus, Terrax y Attuma en una pelea por el metro. Furtivamente lejos de la batalla, Spider-Man obtiene algunos modelos robots LMD de S.H.I.E.L.D. y los utiliza para distraer al Gran Maestro para que él, Araña de Hierro y el Agente Venom puedan subir a la nave del Gran Maestro para salvar a los rehenes civiles. Mientras el Coleccionista convoca a A-Bomb, Hawkeye y She-Hulk a la batalla, Spider-Man, Araña de Hierro y el Agente Venom obtienen la ayuda poco probable de El Líder y M.O.D.O.K. para salvar a los rehenes civiles hasta su tía May (quién descubre la identidad secreta de Peter como Spider-Man. Flash (Agente Venom) y Amadeus (Araña de Hierro) también son conscientes de este hecho), pero ¿puede que su plan tenga éxito?